“七七事項”後不久，日軍攻克北平。北京大年夜學、清華大年夜學南遷，大年夜批師生南下。當時陳垣老師沒有南下，而是留在了北平。1945年9月3日，日本向中國降服佩服的第二天，輔仁大年夜學舉行開學儀式。陳垣老師說：“輔仁大年夜學已有8年沒有舉行開學儀式，由於國旗拿不出來，國歌不能唱，以致措辭也要受到限定。日本攻克徐州時，逼迫各個黌舍都要慶祝，掛出偽滿的旗，以是乾脆就不舉行開學儀式和不舉行升旗。”當初為什麼他不脫離北平呢？
一個緣故原由是輔仁大年夜學是德國教會辦的，並沒有南遷的盤算，陳垣老師假如南下，只能丟下輔仁大年夜學的師生，單身脫離北平。他是一位學者，脫離了他的大年夜批圖書就無法進行事情。離不開輔仁大年夜學，離不開他北平的冊本，這應該是一個緣故原由。
雖然自己沒有脫離北平，但他對想要脫離北平的人，他的同夥、晚輩等，是很支援的。
陳垣老師留在北平，另一個緊張緣故原由是他感覺自己有責任留在北平。留在北平做什麼？他為什麼堅信自己要留在北平，而且要做很多工作，這要有堅決的信念。什麼信念？
陳垣老師堅信日本的侵佔肯定是要掉敗的。他在抗戰時期寫了好幾本書。這幾本書既是學術著作，更緊張的是戰爭的著作。有一本書叫《南宋初河北新玄門考》，他說：“自永嘉（西晉的一個年號）以來，河北已經被外族侵陵好久了，但為什麼著末中國會規復呢？中國的人口還越來越多呢？便是千百年來先夷易近困難培養而成的這麼一種夷易近心。”當時他只能用中國歷史上的夷易近族鬥爭來比喻抗日戰鬥，由於夷易近族鬥爭也是有長短之分的，也是有正義與非正義之分的，是可以從中汲取履歷教訓的。這是第一點，他堅信侵佔者是不能長久的。
別的，必要斟酌到現實。掉守區的人夷易近弗成能都跑到後方去，包括掉守區的常識分子也弗成能都跑到後方。掉守區必要有人堅持正氣。陳垣老師覺得自己應該是在掉守區堅持正氣的人。陳垣老師能留在掉守的北平，由於有一套理論、一套信念在支援著他。他留在北平便是要樹立起一壁旗幟。當時他有兩句話叫“君子心、端士習”，“君子心”便是正直民心，“端士習”，端也是正的意思，士是指常識分子。他要教導青年，勸說朋儕必然要維持夷易近族氣節。
抗戰時期陳垣老師在掉守區的北平做了三件大年夜事：第一件事，保持輔仁大年夜學；第二件事，教導門生；第三件事，以書齋做疆場，用紙筆做刀槍，寫了一系列有戰爭性的著作。當時形勢險惡，做這三件事是很不輕易的。
第一件事，舉一個例子。1943年，日本一個著名的雜誌《東洋史鑽研》頒發了一篇文章，題目為《近日北京學界》。文章作者一方面講，陳垣老師寫了《明季滇黔佛教考》、《南宋初河北新玄門考》，“超人的生動”，而且他的一些門生追隨他形成一種學風，異常壯不雅。然後，作者筆鋒一轉說：“輔仁近日遭到惡運，文學院院長沈兼士掉蹤了（沈是當時國夷易近黨地下事情的引導人，“掉蹤”是躲避日本軍警拘捕）。”文章接著寫道：“往後甚盼望陳垣等之自重。”很顯著，這是在幸災樂禍之中帶有嚇唬之意。
輔仁大年夜學從1923年準備時開始，是由美國天主教本篤會主理的，派人、支援經費。到了1933年，本篤會經費呈現了問題，不能繼承下去了。教皇就委託德國的聖言會來接辦輔仁大年夜學。1937年“七七事項”，包括北京大年夜學、清華大年夜學等很多大年夜學南遷。在掉守區的北平，唯有兩所大年夜學的學歷獲得當時國夷易近政府的承認，一個是燕京大年夜學，美國教會辦的，另一個便是輔仁大年夜學，德國教會辦的。1941年12月珍珠港事項，美日宣戰，燕京大年夜學也辦不下去了。這今後的北平，只有輔仁大年夜學一個黌舍能夠繼承辦下去。這時門生有3000多人，是輔仁大年夜學的壯盛時期。黌舍主要的校務由教會代表、即校務長來主持。然則作為黌舍，必要有一壁旗幟，這面旗幟便是陳垣校長。假如沒有陳垣校長，門生不會來，師長教師也調集不起來。陳垣校長要把輔仁這個陣地保持下來。輔仁大年夜學裡面有共產黨的地下組織。也有國夷易近黨的地下組織，國夷易近黨在北平的抗日據點就在設在輔仁大年夜學，當時有人說輔仁是抗日碉堡。共產黨人和國夷易近黨人合營鬥爭，都為抗日盡力。
第二件事，保持輔仁，是要使用這個陣地來教導門生，教導包括柴德賡、啟功這樣的中青年西席。在輔仁大年夜學，陳垣校長使用統統場合教導門生。1942年4月份，已經是抗戰第五個歲首，輔仁每年有返校節，返校節按例開運動會。陳垣校長就在運動會上講話，說：“本日不是開運動會麼，我給大年夜家講一個孔子開運動會的故事。”孔子怎麼開運動會？《禮記》有一篇講到孔子主持一次射箭比賽，讓子路去把門，釋出三種人不能參加本日的運動會：第一種是敗軍之將，不能很好保衛國家的；第二種是為對頭服務的；第三種是認敵作父的。這三種人不能參加運動會。以是孔子釋出第一條有人走掉落，第二條又有很多多少人走掉落，第三條又有人灰溜溜走掉落了。陳垣校長經由過程這樣一個故事，警告當時在場的漢奸，教導門生把氣節放在第一位。
陳垣校長也經由過程上課勉勵門生。有一天他講課，講全祖望和另一位著論理學者杭世駿評論爭論劉豫墓在什麼地方。劉豫是金滅北宋後，作育的偽齊傀儡政權的頭頭。劉豫在北宋時做過濟南知府，有人說劉豫的墓在濟南，有的人說劉豫的墓在他的老家。然則陳垣說劉豫的墓究竟在什麼地方並不緊張，緊張的是劉豫的後人，明明知道自己是劉豫的子孫，然則他卻說自己先世不明。以是，陳垣校長說，一小我連自己的後人都不認他的話，這小我真是遺臭萬年了。這也是對漢奸的警告。當時，在公共場所講這些話是要冒風險的，但由於陳垣校長的名譽，日本人也不便明火執仗地找他麻煩。
第三件事，他以書齋做疆場，以紙筆做刀槍。抗戰八年，陳垣校長一共寫了七本有戰爭性的著作，是他平生中學術著作最豐碩的時期。這些書裡面都是藉著講宗教、講歷史，用他的話來講便是“斥漢奸，斥日寇，責當政”，這個“當政”便是不好好抵抗日本侵佔，不好好整頓自己的政治確當權者。
這些著作不只在當時起了鼓舞民心的感化，而且直到本日，照樣文史學者的必讀書，頻頻重印。緣故原由就在於他的這些書都是顛末廣泛網路材料、顛末嚴格考證寫出來的，是有血有肉、有根有據、有針對性的著作。這就給我們以緊張的啟示：義憤不能代替科學。從歷史學的角度來說，只有相符歷史真實的著作，在反侵佔戰鬥中才是最有戰爭力的著作，也才能成為不朽的著作。
