故事的主人公瑪麗是一位從小不被父母寵愛的倔強嬌縱的小姐，一場霍亂奪走了她的親人和僕人的生命，但她並沒有感到傷心，她在乎的僅僅是會不會有新的僕人給她講故事。瑪麗成了孤兒，只好帶著她那討人厭的脾氣來到了姑父克雷文先生的莊園，開始了她的神奇旅程。
因為妻子去世，克雷文先生的莊園和主人一樣變得死氣沉沉，而且充滿祕密，沒有人願意住在這裡，更別說瑪麗這位性格嬌縱的小姐了。可女僕瑪莎、花匠季元本和友好伶俐的知更鳥打開了瑪麗久久關閉的心窗，在知更鳥的指引下，瑪麗找到了開啟祕密花園的鑰匙。
瑪麗還結識了喜歡和動物交朋友的農家小子——迪肯，一位從小喪母、長期臥床的小少爺——柯林。
在迪肯的帶領下，他們一起在祕密花園裡耕種，使花園從此煥發出盎然生機，到處充滿了大自然的魔力：樹下的花朵潔白茂盛，像是下了場雪；玫瑰花鮮紅豔麗，像是他們小臉蛋上的紅暈；蜜蜂在花叢中嗡嗡直響，像是在給他們唱歌；小鳥和蝴蝶在“天空”翱翔；爬滿牆的玫瑰藤，為花園添了幾分特色……而這些，都是他們嚮往的魔法，正是因為這些神奇有趣的魔法，使柯林和瑪麗從脾氣暴躁、極為古怪的小少爺和小姐，變成了願意與其他人一樣玩耍、懂得關心別人的快樂孩子。春天到來，萬物生長，祕密花園不僅奇蹟般地重現生機，而且更加美麗。瑪麗、柯林甚至克雷文先生心中的冰塊，都被花園的獨特魔法一點一點融化了。大自然用那神奇的魔法，創造了奇蹟！