瑪麗是故事的主人公，他是一個不招人喜歡的小女孩，他長得又瘦又矮，他的父母每天都很忙，父母把它交給了保姆，他一出生就他一出生病就沒停過，他的頭髮又黃又少，缺少父母愛的瑪麗從小就倔強，脾氣古怪。
一場霍亂使性格乖戾的瑪麗變成了孤兒。他只得被送往遠在英國的克萊蒙舅舅家一起生活，他舅舅克萊蒙一直沉浸在喪妻的悲痛之中，性格變得越來越陰鬱，古怪。
瑪麗在舅舅家無意地發現莊園有上百間被鎖閉的房子，有十年不讓進的花園，有深夜傳來的哭聲，這些都吸引著她去探索莊園之謎。
在一個深夜，瑪麗聽到了哭聲。他隨著哭聲來到了門前。他推開門，看到一個男孩，他叫柯林。他是克萊蒙的獨生子，他身體虛弱，對生活失去信心，也是一個野蠻的小男孩。所有人都以為他離死不遠了，可是柯林在瑪麗的幫助下，他感到了生活的溫暖與美好在。莊園內，他學會了奔跑和大笑。
瑪麗的僕人瑪莎，他有一個弟弟叫迪克，瑪麗和迪克很快的成為了好朋友。在莊園玩耍的瑪麗，意外的在知更鳥的幫助下，找到了祕密花園的大門和鑰匙。瑪麗在迪克的幫助下，使荒蕪的花園重現生機。不久，莊園的小主人柯林也參入進來，感受到了大自然的美好。大自然的力量改變了一切，常年籠罩在陰霾之下的古老莊園及其主人也一同獲得了新生。
最終，小柯林變得健康又快樂，克萊蒙舅舅走出了陰影，瑪麗也變得更加可愛、活潑。整個克萊蒙莊園籠罩在一片歡樂溫馨的氣氛之中。