從前，有個頑皮搗蛋的男孩尼爾斯獨自坐在家中看書，發現了突然出現的小狐仙后，給了小狐仙一個惡作劇，結果被小狐仙施了魔法，變成了一個拇指大的小人，還能聽懂動物的語言。隨後，他想找小狐仙道歉，讓自己變回原來的模樣，便向家裏的動物尋求幫助。可是因為尼爾斯以前經常欺負他們，所以動物們都幸災樂禍，不願意幫助他。後來他為了不讓雄鵝和大雁們一起飛走，便扒住了雄鵝，可誰知自己也被雄鵝帶得飛上了天空。
聽説50，後來大爺們發現了尼爾斯，並要求尼爾斯馬上離開。好在雄鵝莫頓幫他求情。因此，尼爾斯很不爽。後來，狐狸捉住了一隻大雁。你而是為了證明自己，便用盡全力追上狐狸，救出了大雁，並將狐狸耍得團團轉，獲得了大雁們的認可。隨後尼爾斯還幫助灰老鼠守住了家園，深受動物們的信任和喜愛。
後來，大雁門偶遇山羊，山羊向大雁們訴説了當前的困境：在晚上，有的時候討厭的狐狸會來騷擾他們。後來，在尼爾斯的幫助下，雄山羊狠狠教訓了可惡的狐狸。接着，大雁們繼續飛行，在一個叫索耐爾布的地方，尼爾斯被一羣殘暴的烏鴉抓了。原來，這都是那隻狐狸斯米爾搞的鬼。但是尼爾斯沒有屈服，他以迅雷不及掩耳的速度殺死了烏鴉頭領。其他的烏鴉正要攻擊尼爾斯，你鑰匙打開了，裝着金幣的罐子，把其他烏鴉都吸引了，才得以脱身。再後來，尼爾斯不小心落入熊掌，險些死掉。後來在跟公熊談判的時候，發現獵人正要向公熊開槍，便趕忙提醒，救了公熊一命。
後來，米爾斯回到了大雁羣中繼續向北飛。途中，雁羣頭領阿卡收養了一個悲慘的小雕高而果。漸漸地，高二果已經把自己當成了一隻大雁。後來因為其他動物的嘲笑，高爾果非常氣憤的離開了雁羣。但沒多久，高爾果被關進了公園的籠子裏，恰巧尼爾斯也在那個公園。後來，用了幾天幾夜的時間，尼爾斯弄斷了籠子，將高兒果救了出來。高爾夫重獲自由後，將尼爾斯送回到了雁羣中。
可惜，光陰似箭，到了大雁門往回飛的時間了。尼爾斯和熊二也回到了家中。米爾斯的父母發現莫頓回來了，剛好節日也快到了，説要將莫頓拿去殺了。你也是為了救下自己的夥伴，不顧自己還是這副怪樣子就衝出去。不過爸爸媽媽一眼就認出了尼爾斯，原來尼爾斯恢復了原樣！在此之後，尼爾斯跑去海邊，向大雁門告別。