哈利·波特是一個魔法界的傳奇，多少人死在了神祕人的手下，可他卻沒有，並且讓神祕人失蹤了，這使他名聲大振。
明天將是他的十二歲生日，可卻沒有人給他寄來生日禮物，這時一個叫多比的小精靈告訴他霍格沃茨有危險，並且在他回去的那天關閉了入口。哈利歷經千辛萬苦回到了霍格沃茨，可一次次的石化事件導致霍格沃茨將關閉。而且每一次哈利都在場，這使他遭到了同學們的非議。
那天，他在四樓的盥洗室裡發現了一本日記。通過這本日記，他發現海格是當年開啟密室的人，於是他在禁林裡找到了阿拉戈克，根據他的描述，海格並不是開啟密室的人，開啟密室的人是斯萊特林的傳人。
終於，他發現了密室的入口，發現斯萊特林的傳人是五十年前的神祕人，他叫湯姆·馬沃羅，並與他展開了決鬥，最後哈利勝利了，救出了差點被湯姆害死的人，還把被冤枉的海格從阿茲卡班救了出來。