在霍格沃茨度過了第一個學期後，哈利回到了麻瓜世界。一天晚上，小精靈多比來到哈利面前，警告哈利千萬不能回校，學校將會發生恐怖的事情。哈利沒有在意，但哈利進入專車站臺時，魔法牆壁失靈，誤了車，幸好他通過另一條途徑到達了學校。
不久，一隻貓被石化了。哈利在比賽中受了傷，多比告訴哈利：牆壁和受傷的事都是他乾的，目的就是為了讓哈利回家。
學校又接二連三發生恐怖事件：幾個學生被石化，甚至有個幽靈也被定住了。哈利在無意中驚奇地發現：自己會說蛇語——只有斯萊特林的繼承人才會說的語言。但過了沒多久，哈利的朋友赫敏也被石化了。他從赫敏手中的紙條瞭解到攻擊學生的怪物是一條巨蛇。
緊接著，一個學生被擄進了密室。哈利用蛇語打開了密室，孤身一人深入。在這裡，他看到了那個被擄進來的學生，又遇見了學生時代的伏地魔！伏地魔告訴他，這個學生拿到了一本存有他靈魂和記憶的日記，他的靈魂通過這本日記吸取這個學生的生命，說著，操縱巨蛇要殺死哈利。
哈利在千鈞一髮之際拿到了格蘭芬多之劍，殺死了巨蛇，並用毒牙摧毀了日記本，消滅了這段記憶，救了被石化的人們。