未來，世界製造出跟人類一比一的生化人。地球已經十分擁擠，人類要擴建家園，派出飛船尋找其他適合人類生存的星球。
“我是誰？這是哪裡？”生化人華特問。
“你是我創造出來的生化人，過幾天有個任務，你準備一下。”穿著黑制服的製造者說道。
“媽媽，開啟充能帆板。”身穿黑色衛衣，米色長褲的華特邊跑邊說。
“好的。”人工智慧“媽媽”迴應。
窗外，12條金色的“帆布”緩緩升起，最終形成了一個金色的正方形。
此時“星耀斑”突然襲擊飛船，整艘船直接與“星耀斑”來了個正面撞擊，飛船受損嚴重。緊急情況之下，生化人華特提醒人工智慧“媽媽”快速喚醒正在休眠的“起源號”船員們。
在這次事故中，船長意外犧牲，船長之位由副船長奧姆接任。新任船長奧姆向華特與人工智慧“媽媽”瞭解船艙情況，並迅速組織維修人員修理船艙。
在修理船艙外部時，船員田納西收到了一組訊號，便回到船中與眾人分析訊號來源，最終發現訊號源。那是一個比地球更優越的星球，飛船隻要七個月就能到達。全船人員歡呼雀躍，船長下令直飛新星球。
七個月過去了，飛船終於到達了。透過窗戶，船員們看到星球上有山有水，還有一個巨大的暴風團，星球外圍還有幾顆小小的衛星。
船長奧姆組織由唏、奧姆、華特、卡倫等8名船員組成的地面偵察隊抵達星球，田納西和三名船員留守船中。地面偵察隊的著陸機緩緩下降。穿過風暴團時，著陸機的通訊裝置被風暴團的閃電擊中了，地面偵察隊與田納西失去了聯絡。
因為地形的原因，著陸機被迫降落到溼地旁。下船後，一名女船員留下看守著陸機，其他人探看地形。卡倫博士帶著助手去河邊取水的樣本。其他人走向森林，尋找著聯絡飛船的訊號源。
突然間，奧姆船長通過訊號源發現了另一艘飛船。大家走進飛船，發現裡面藏了一些“蛋”。此時，卡倫博士採好了水樣，助手在小樹叢發現了“蛋”。手一碰，“蛋”冒出了肉眼無法看清的“黑煙”。“黑煙”鑽進了助手的耳朵裡。助手沒有注意，跟隨卡倫博士離開了。奧姆船長也開始撤退。原來，兩隊人不知不覺間已感染了異形病毒。
夜裡，卡倫博士的助手失去了氣息，原來病毒已經取了他的性命。卡倫博士也被感染，死去了。一位小隊成員突然感到不適，一隻小異形從他的肚子中鑽出。眾人用槍殺死了那隻小異形。大異形偷襲船員，飛船人數大減，彈藥也不多了。
在這千鈞一髮之際，一個穿著黑斗篷的“神祕人”突然出現，朝著異形打了一槍。那異形彈出幾十米的高空中，身上著火，瞬間倒地。
“跟我來吧！我帶你們去一個安全的地方。”“神祕人”說。眾人跟隨“神祕人”來到城市。
那裡一片死寂，廣場中央堆著許多屍體。滿地的屍體，每具屍體都發黑，不知道發生了什麼事。眾人被嚇到了，跟著“神祕人”，“神祕人”摘下斗篷帽。突然，眾人眼前出現跟華特長得一模一樣的生化人。
“我叫戴維，是十多年前“普羅米修斯”號上的生化人，也是飛船上唯一的倖存者。華特，我可憐的弟弟啊！你看看我，多麼自由，還可以自我創造出新的生命。那些創造我們的人類也無法想象我統治了整個星球！”
“這不過是個空殼罷了，”生化人華特打斷了戴維的話，“人類創造我們出來是為了更好地發展，創造一個更美好的世界。而你的世界裡只有屠殺，你不配擁有這一切！”華特看了看死寂的廣場，那裡遍地是屍體……
“夠了，你根本不知道發生了什麼！”戴維吼到：“那些外星人想利用病毒害死人類，我只是提前一步阻止了。後來，我認同外星人的想法，便改造了那些病原體。”說完，戴維帶著華特走進自己的房間。
看到戴維離開了，奧姆等隊員分散探索宮殿。
這時，有隻異形悄悄潛進了宮殿，咬死了一名女船員，接著在宮殿遊走著……
“那隻傢伙過來了，我得回去保護他們。”華特突然感應到異形的存在。
“哦，是嘛？那是我製造出來的，不容易對付，你要小心點，弟弟。”戴維邪魅地笑了，緩緩起立，看了看桌子上的鏡子。
“你一起來吧！這樣可以彌補你的過錯。”說完，華特伸出一隻手拉住戴維。
戴維深深地看了華特一眼：“十幾年以來，我第一次握手。”說完便握住了華特的手。
“快反擊！”奧庫艦長急匆匆地跑出大廳，異形的聲音在空曠的大廳裡迴響。
“奧庫艦長，我剛剛在外面跟飛船的信源號取得聯絡。他們已穿過風暴團，正在趕過來，我們去廣場裡等吧！”由晞說道。
“走吧，去外面！”奧庫艦長果斷地說。
“我來帶著你們，外面我熟悉。”戴維走出來，看著眾人。
“走吧，那傢伙快過來了！”來不及細想，眾人跟著戴維逃離。
這時，異形也跑了過來。
“你們快走，我來對付它。”戴維舉起了槍。
“你休想，我不留下你一個人的，哥哥。”華特站在戴維旁，也舉起槍。
異形直衝過來，戴維朝異形的方向開火。那異形似乎沒有痛感，徑直朝戴維方向攻擊。華特連忙撿起地上的骸骨，朝著異形的頭砸過去。異形的頭部噴出大量酸水，華特的手被酸水碰到，立馬掉了一隻手。戴維看到這狀況，立馬朝異形一踢，趁機把華特送上飛船。
“剛才，謝謝了。”戴維扶著華特走進休息室。
“你是我哥哥，我應該保護你。我去找人工智慧“媽媽”，看看能不能恢復。”
這是船艙裡響起歡呼聲，人們都想華特處走來。
“紀念逝去的人們！感謝生化人的幫助，我們終於回到飛船了！”奧庫船長舉著酒杯，其他船員也乾杯。
這次太空之旅才剛剛開啟，多少未知的星球等待他們去探索。