十九世紀，美國密西西比河畔的一個小鎮上，有一個名叫湯姆·索亞的男孩，從小父母雙亡，住在嚴厲但疼愛他的波莉姨媽家裡。他天真活潑，敢於探險，追求自由，正直勇敢，幻想幹一番英雄事業，卻總是喜歡惹事生非。
湯姆有許多精靈鬼點子，總喜歡逃學去釣魚、閒逛、玩海盜、蒐集寶物等。他曾經因為撒謊，被姨媽罰去漆圍牆。但他不想自己幹，便讓別的孩子送給他一些東西，得到一個遊戲的機會，就是替他幹活，因為他騙孩子們說“塗油漆是這世界上最好玩的事。”
一次，湯姆和好朋友哈克到墓地玩耍，無意中目睹了一起凶殺案的發生。盜屍的羅賓遜大夫、印第安喬和酒鬼波特發生爭執，印第安喬把羅賓遜殺了，卻把殺人罪賴到被打暈的波特身上。當時湯姆和哈克，發誓要對此事嚴守祕密。後來，湯姆和哈克一起離家出走，到一個荒島玩“海盜”，正當家裡人以為他們被淹死，而舉行葬禮時，他們卻出現在“葬禮”上。因此，湯姆成了學校的英雄。
不久，法院審理那樁凶殺案，湯姆克服恐懼，勇敢地當庭告發了殺人凶手印第安喬，而凶手卻逃跑了。湯姆一直處在不安中。一天，好友貝琪組織野餐，湯姆和貝琪來到一個迷宮般的巖洞裡玩，迷路了。他們在洞裡飢寒交迫，經歷了黑暗和恐懼，整整三天都沒找到出路，卻發現印第安喬和他的同夥。後來，湯姆和貝琪終於想辦法脫險了。同一天晚上，哈克發現印第安喬和同夥夾著寶物上山，就遠遠地跟著印第安喬，來到一個寡婦的山莊。正當印第安喬要對寡婦下毒手時，哈克救出了寡婦。而凶手最後被餓死在山洞中。
後來，湯姆和哈克又一起找到了凶手埋藏的一箱黃金。從此，湯姆和哈克變成了小鎮上的“風雲人物”。