在一個村莊裡，有個名叫尼爾斯的放鵝娃，他調皮搗蛋，經常欺負小動物。一次，他捉弄小狐仙，被變成了拇指大的小人兒。他想向動物求助，可沒有動物願意幫他。這時，一群大雁飛了過來，尼爾斯意外騎在雄鵝莫頓背上，與大雁開啟了一段奇妙的旅程。
在開始與雁群相處的幾天，尼爾斯幫助松鼠媽媽尋找小松鼠，又在大雁休息時，鼓起勇氣，阻止狐狸斯密爾偷襲雁群，結果自己卻差點成為狐狸的晚餐。大雁們聞訊趕來，用計使狐狸精疲力竭，狼狽逃走。尼爾斯在獲救的同時，也獲得了大雁們的信任。
之後的旅程既豐富多彩，又驚險無比。在克拉山上，大雁們有幸參加一年一度的鶴之舞大會。動物們其樂融融，而狐狸斯密爾卻破壞了節日的和平氣氛，最終被撕咬下了右耳，驅逐出境。在地獄谷裡，尼爾斯為山羊們放哨，靠自己的機智勇敢，又一次讓貪婪的狐狸付出了沉重的代價。還有一次，尼爾斯不幸與大雁們走散，被賣給了流浪藝人克萊門特，與他關在一起的還有老鷹戈爾戈。善良的尼爾斯經過日復一日的努力，終於在籠子上銼出了一個大洞，讓老鷹重獲自由。老鷹為了表達感激，帶著尼爾斯飛越千山萬水，最終回到了大雁們的身邊。
在旅途中，尼爾斯幫助了許許多多的動物，成為了動物們心中的英雄。然而，幾個月後，當他回到家時，卻發現家境更加貧困。正當父母要將雄鵝莫頓宰殺時，尼爾斯不顧一切衝進屋阻止，恰恰在這一刻，奇蹟發生了，他重新變回了人。
尼爾斯依依不捨地與一直陪伴著他的大雁們告別。他已經從一個調皮搗蛋的男孩，蛻變成了一個懂事、勇敢、善良、樂於助人的好孩子。