當煙火在那座城堡上冉冉升起的時候，鳥兒淒涼的叫聲依然在空中迴盪。戰爭在人們心中留下的刀疤太深，太深。
這個故事發生在那個崛起於亞洲東部的一個島國——日本。
故事從一個日本鄉村少年，叫三吉。他性格十分靦腆。他從來都沒想過要到都市裡生活。當他十七歲那年，他幫父親到區公所辦事，他看到了一則啟示。是東京一家動物園招募飼養員的啟示。這個沉默的鄉村男孩，沒與別人說起，轉身就走了。也許是那張招募啟示，改變了他的人生軌道。他向動物園園長寫了一封應徵信並被園長錄取。從此他開始在動物園裡工作。與他朝夕相處的是一頭名叫東金的小象。
也許是性格相同，小象與三吉關係非常融恰。在三吉的指導下，東金一經會表演一些節目。他們彼此談笑，嬉戲，坐在“大象屋”前遙望著墜落的夕陽。但是，他們沒有發現鮮紅的血染紅了整片天空，那個堅強的民族在流淚。他們沒有感覺到天空發出的“次聲波”，那個生離死別的戰爭即將爆發——太平洋戰爭。
戰爭還是來了，來得是那麼突然，以至整個國家的人都沒做好準備。隨著戰爭的日益加劇，動物園中許多年輕的飼養員都被徵召當兵，包括三吉的一位朋友阿武。當阿武離別時，他把自己四歲的孩子小雄抱上東金的背上，三吉為阿武父子合影留念。